פעולות האגף מתרכזות בעיקר, בתחומים הבאים:

   1.        ניהול פנקסי המקרקעין
המקרקעין שבתחומי המדינה רשומים בשלושה סוגי פנקסים:
בפנקסי השטרות - רשומים מקרקעין, שטרם עברו הליכים של הסדר זכויות הקניין, לפי פקודת הסדר זכויות במקרקעין (נוסח חדש), התשכ"ט – 1969.
הרישום בפנקסי השטרות של מקרקעין לא- מוסדרים, מהווה, על פי החוק, ראייה לכאורה לתוכנו. לאחר הסדר הזכויות במקרקעין מתבטל הרישום בפנקס השטרות – והזכויות נרשמות בפנקס חדש, פנקס הזכויות.
בפנקסי הזכויות - רשומים מקרקעין שעברו הליכים של הסדר זכויות הקניין, לאחר מדידה ומיפוי רשמיים, ולאחר בירור רשמי ופומבי של תביעות לזכויות במקרקעין. הרישום בפנקסי הזכויות, לגבי מקרקעין מוסדרים, מהווה על פי החוק ראייה חותכת לתוכנו. פנקסי הזכויות כוללים כ- % 95 מכלל שטחה של המדינה. ככל שמתקדמות פעולות ההסדר כך מתמעטים פנקסי השטרות ובמקביל מתרבים פנקסי הזכויות.
בפנקסי הבתים המשותפים - רשומות הדירות שלגביהן ניתנו צווי רישום בהתאם לתשריטים הכוללים את תיאור הבתים והדירות שבהם.
פנקסי המקרקעין מנוהלים בלשכות רישום המקרקעין משקפים נאמנה את המצב המשפטי של זכויות במקרקעין שבתחומי המדינה.

   2.        אישור עסקאות ופעולות אחרות במקרקעין, ורישומן בפנקסי המקרקעין
על פי ההוראות שבחוק, עסקה במקרקעין טעונה רישום בפנקסים. העסקה נגמרת ברישום, ורק אז כוחה  מבחינה משפטית יפה כלפי הכל. כל עוד לא נרשמה העסקה – יש למקבל הזכות זכות חוזית , שתוקפה הוא בין הצדדים בלבד.

   3.        רישום בתים בפנקסי הבתים המשותפים
הפיכת חלקות הרשומות בפנקסי  השטרות או הזכויות, לחלקות הרשומות בפנקסי הבתים המשותפים וכוללות יותר מיחידת משנה אחת.

   4.        הכרעה בסכסוכים בין בעלי דירות בבתים משותפים
בסמכותם השיפוטית של המפקחים על רישום המקרקעין לדון ולפסוק בסכסוכים בין בעלי דירות בבתים משותפים, הן בתים שנרשמו בפנקס הבתים המשותפים והן בתים שטרם נרשמו.
למפקח הדן בסכסוך הוקנו כל הסמכויות שיש לשופט בית משפט שלום הדן בתביעה אזרחית והחלטתו בסכסוך וצו ביניים שנתן, דינם לעניין אכיפה והוצאה לפועל ולעניין סעיף 6 לפקודת בזיון בית המשפט, כדין פסק דין או צו ביניים של משפט שלום.

   5.        הסדר זכויות הקניין במקרקעין שבתחומי המדינה
מדינת ישראל היא אחת מהמעטות שבמדינות העולם, שבה הונהג הסדר של זכויות במקרקעין. הסדר זה נעשה, בהסתמך על מדידה ומיפוי רשמיים ולאחר חקירה רשמית ופומבית של תביעות וזכויות אחרות.

הרישומים בפנקסי המקרקעין

בפנקסי המקרקעין יירשמו:

   1.         העסקאות שהרשם אישרן לרישום.

   2.        פסקי דין, החלטות וצווים שניתנו על ידי בית משפט או רשות אחרת המוסמכת לכך על פי דין, והוגשו לרשם.

   3.        כל דבר אחר הטעון רישום והניתן לרישום על פי חיקוק.